肥厚型心肌病的主要原因是基因突变。它是一种常染色体显性遗传病，也就是说，如果父母一方携带致病基因，子女有约 50% 的可能遗传该病。大多数 HCM 患者的发病与控制心肌蛋白合成的基因突变有关，例如β-肌球蛋白（MYH7）、肌钙蛋白 T（TNNT2）、肌动蛋白（ACTC1） 等。这些突变会导致心肌细胞排列紊乱，心肌增厚。虽然大多数患者有家族史，但也有一小部分病例属于散发型突变，即无明确家族史。
